Добрый день.
Цитата: В ОП(магазине) трудится один работник, по трудовому договору устроен в основной организации
В трудовом договоре и трудовой книжке должно быть отражено место работы с указанием населённого пункта, потому что:
Цитата: обособленное подразделение в другом регионе
Цитата: Обязательными для включения в трудовой договор являются следующие условия:- место работы, а в случае, когда работник принимается для работы в филиале, представительстве или ином обособленном структурном подразделении организации, расположенном в другой местности, - место работы с указанием обособленного структурного подразделения и его местонахождения;
Цитата: По месту постановки на учет основной организации подаем уведомление о создании ОП?
Да, потому что рабочее место создано на период, явно превышающий один месяц - см. пп. 3 п. 2 ст. 23 НК РФ.
Цитата: УСН учитываем, считаем, оплачиваем и отчитываемся по месту основной организации все вместе с ОП?
Верно. И страховые взносы тоже.
Цитата: НДФЛ (с з/п того кто трудится в ОП)нельзя все(оплату и отчетность)вместес основной организацией?
Нет. Нужно перечислять и отчитываться отдельно, за этого работника - в ИФНС по местонахождению ОП.